특허 서열 검색 - Orbit BioSequence

OBS: 간단한 특허 서열 검색부터 변이체 분석까지

단백질뿐만 아니라 DNA, RNA 서열도 60년대부터, 그리고 그 이전에도 몇 차례 특허에 공개되었습니다. 자연 발생 염기서열, 변형 염기서열, 진단에 사용되는 염기서열, 식물 유래 염기서열 및 기타 여러 유형과 같은 다양한 유형의 생물학적 물질에 대한 특허를 허용하기 위해 시간이 지남에 따라 많은 법률이 만들어지고 수정되었습니다. 우리는 최근 백신이 뜨거운 주제이고 RNA 백신과 같은 일부 백신에는 서열이 포함되어 있음을 확인했습니다. 시퀀스를 게시하는 산업 영역은 놀랍게 보일 수 있지만, 예를 들어 식품 산업이나 세제 제조업체가 그중 일부입니다. 분명히 제약 산업, 생명 공학, 농약 및 종자 회사가 서열 특허의 대부분을 생산합니다. 그렇다면 특허 서열 검색이 중요한 이유는 무엇이며 다른 유형의 특허 검색과 다른 이유는 무엇입니까?

특허 시퀀스 데이터

90년대부터 인간 게놈 프로젝트를 시작으로 게놈 및 mRNA 서열이 특허에서 더욱 보편화되기 시작했습니다. 어떤 경우에는 수백만 개의 염기쌍으로 구성될 수 있는 전체 게놈(박테리아, 곰팡이)이 공개되었습니다. 민간 기업은 수백만 개의 짧은 시퀀스를 공개했고 어떤 경우에는 주장하기도 했습니다. 이 모든 일은 모든 특허가 순수하게 종이로만 제출되었을 때 일어나고 있습니다. 서열 특허로 인해 특허 및 서열 목록과 같은 보충 자료의 전자 출원이 마침내 가능해졌습니다. 그 이후로 시퀀스가 ​​포함된 특허 수가 증가했으며, 중국 특허의 엄청난 증가에도 불구하고 전 세계적으로 새로 공개된 시퀀스가 ​​포함된 특허 수는 여전히 선형 곡선을 따릅니다.

Orbit BioSequence에서 확인할 수 있는 2000년부터 2020년까지 새로 공개된 서열 특허의 역사적 추세.

역사적 빅 3 기관(USPTO, EPO, WIPO)이 서열을 공개합니다. JPO, KIPO 및 CIPO와 같은 일부 다른 당국은 규정을 매우 준수합니다. 불행하게도 다른 것들은 덜 체계적이거나 과거에 갇혀 있습니다. 그러나 규정을 잘 준수하는 당국의 경우에도 어떤 서열을 공개해야 하는지에 대한 규칙과 법률은 다양합니다. 따라서 동일한 계열의 USPTO 또는 WIPO 문서와 EPO 문서의 서열 특허가 다를 수 있으므로 특허에 대한 계열 관점을 갖는 것이 좋습니다.

특허 서열 검색은 왜 다른가요?

전통적인 IP 검색은 키워드를 통해 이루어집니다. 키워드를 사용한 검색은 불완전하기 때문에 기본적으로 키워드의 정확성 부족으로 인한 고통을 완화하려고 시도하는 특허 클래스, 동의어 목록 및 기타 여러 기능과 결합되는 경우가 많습니다.

생물학적 서열 검색은 여러 가지 이유로 다릅니다. 첫째, 특허가 작성된 모국어와는 완전히 독립적인 DNA/RNA 및 아미노산 서열을 설명하는 공통 언어가 있습니다. 따라서 자연어 번역이 필요하지 않습니다.

둘째, 서열이 매우 길 수 있기 때문에 서열 목록에서 이들을 별도로 처리하기 위해 시간이 지남에 따라 여러 출판 표준이 존재했습니다. 따라서 출판된 서열의 대다수는 전자적으로 처리하기가 간단합니다. 이는 이미지가 여전히 출판의 허용되는 형태인 화학과 대조될 수 있습니다.

셋째, 시퀀스가 ​​매우 짧지 않은 한 항상 동일한 시퀀스가 ​​아닌 유사한 시퀀스를 찾고 싶을 것입니다. 작은 오류(OCR 실수, 게시자 오류)는 어떻게든 제어할 수 있으므로 이는 특히 중요합니다. 반대로, "breadeast"라는 키워드를 검색하면 "beadeast"가 철자 오류가 있더라도 검색되지 않습니다.

넷째, 지난 20년 정도 동안 특허에 공개된 서열에는 번호가 매겨져 있으며 SEQ ID NO.라는 키워드로 언급됩니다. 대부분의 경우 히트 시퀀스 5가 청구 섹션에서 번호로 SEQ ID NO로 참조되므로 히트 시퀀스 5가 청구되었는지 쉽게 알 수 있습니다. 5. 이는 시퀀스의 고유한 기능이자 매우 중요한 기능으로, 예를 들어 시퀀스 인스턴스를 (청구된) 것으로 강조 표시할 수 있습니다.

Orbit BioSequence에 청구 여부에 관계없이 3개의 USPTO 문서에 나타나는 서열에 맞춰 정렬된 서열입니다.

정렬 및 알고리즘

특허 서열 검색은 특정 알고리즘과 매개변수를 사용하여 쿼리 서열을 데이터베이스의 서열에 정렬하는 것으로 구성됩니다. 이는 모두 매우 복잡하지만 몇 가지 사용 사례로 제한될 수 있습니다. 문제를 지나치게 단순화할 위험이 있으므로 긴 유전자 서열을 사용하여 유사한 서열을 찾거나 짧은 서열을 사용합니다. 전자의 경우 모든 것이 잘 작동합니다. 특허가 무엇을 주장하거나 공개할 수 있는지 미리 알 수 없으므로 유전자를 뉴클레오티드 및 단백질 데이터베이스 모두와 비교하십시오. 짧은 시퀀스의 후자의 경우에는 상황이 좀 더 어렵습니다. 쿼리와 완벽하게 일치하는 시퀀스를 찾거나 몇 가지 불일치를 허용할 수 있습니다. 공백을 허용하시겠습니까? 3개 또는 6개의 항체 CDR을 사용하는 경우 모두 다른 CDR에 정렬하시겠습니까, 아니면 중쇄 또는 경쇄에 정렬하시겠습니까? 이러한 모든 질문은 다른 알고리즘과 매개변수로 이어질 수 있습니다. 하지만 걱정하지 마십시오. 광범위한 문서와 훌륭한 헬프데스크가 있습니다. 복잡한 문제가 항상 간단한 해결책으로 이어지는 것은 아닙니다!

쌍별 대 변형 다중 서열 정렬

결국에는 쌍별 정렬, 즉 쿼리 시퀀스가 ​​특허 시퀀스에 맞춰 정렬된 것을 볼 수 있습니다. 이를 통해 두 시퀀스 간의 차이점에 대한 복잡한 세부 정보를 얻을 수 있으며 사용 가능한 특허 정보와 결합하여 이 정렬이 FTO, 특허 가능성 등과 관련이 있는지 결정하는 데 도움이 됩니다. 실제로 동일한 시퀀스에 많은 시퀀스가 ​​있을 수 있습니다. 특허 가족과 많은 가족. 여러 항목을 검색해야 하지만 가장 관련성이 높은 정렬 및 계열만 표시하는 필터를 사용하여 도움을 드릴 수 있습니다. 그러나 정렬에 대한 전체 보기를 놓칠 수 있습니다. 검색어의 34번째 위치에 라이신이 있는 특허 서열은 몇 개입니까? 이는 변형 분석을 통해서만 수행할 수 있습니다.

변형 분석은 귀하의 검색어에 맞춰 정렬된 모든 특허 서열을 누적하고 각 검색어 위치에 대한 글로벌 보기를 제공합니다. 즉, 쿼리 순서를 기반으로 다중 정렬을 생성합니다. 데이터세트를 쿼리, 수정 및 내보낼 수 있으며, 가장 중요한 것은 변형을 탐색하여 경쟁업체가 무엇을 하고 있는지 또는 어떤 영역이 절대 수정되지 않는지에 대한 새로운 통찰력을 제공할 수 있다는 것입니다.

Orbit BioSequence Variant Analysis를 사용한 여러 위치에서의 변형

궤도 바이오시퀀스(OBS)

특허 서열은 물론 비특허 서열에 대한 광범위한 접근을 제공하는 Orbit BioSequence는 FTO, 특허 가능성 및 비즈니스 인텔리전스 검색을 위한 완벽한 도구입니다. OBS는 특허 데이터와 시퀀스를 쉽게 결합함으로써 시퀀스 전용의 다른 도구보다 특허 시퀀스 검색을 훨씬 쉽게 만듭니다. 항체와 CDR, 유전자, 프라이머를 모두 사용하고 결합하고 탐색할 수 있습니다.

더 자세히 알고 싶으십니까? 구체적인 조언이나 지원이 필요하시면 당사에 문의 하시거나 Orbit BioSequence의 특허 데이터에 대한 최근 웹 세미나 스마트 및 시각적 서열 변형 탐색기 녹화를 시청하십시오 .