Suche nach Patentsequenzen - Orbit BioSequence

OBS: Von der einfachen Patentsequenzsuche bis zur Variantenanalyse

DNA-, RNA-Sequenzen sowie Proteine ​​werden seit den 60er Jahren und einige sogar schon davor in Patenten offenbart. Im Laufe der Zeit wurden viele Gesetze geschaffen und geändert, um die Patentierung verschiedener Arten von biologischem Material zu ermöglichen, beispielsweise natürlich vorkommende Sequenzen, modifizierte Sequenzen, in der Diagnostik verwendete Sequenzen, Sequenzen aus Pflanzen und viele andere Arten. Wir haben kürzlich gesehen, dass Impfstoffe ein heißes Thema sind und einige, wie zum Beispiel RNA-Impfstoffe, Sequenzen enthalten. Industriebereiche, die Sequenzen veröffentlichen, mögen überraschend erscheinen, aber beispielsweise die Lebensmittelindustrie oder Waschmittelhersteller sind einige davon. Offensichtlich produzieren Pharmaindustrie, Biotechnologie, Agrochemie und Saatgutunternehmen den Großteil der Sequenzpatente. Warum ist die Suche nach Patentfolgen wichtig und warum unterscheidet sie sich von anderen Arten der Patentrecherche?

Patentsequenzdaten

Ab den 90er Jahren und mit dem Humangenomprojekt wurden Genom- und mRNA-Sequenzen immer häufiger in Patenten verwendet. Teilweise wurden ganze Genome (von Bakterien, Pilzen) veröffentlicht, die aus Millionen von Basenpaaren bestehen können. Private Unternehmen haben Millionen von Kurzsequenzen offengelegt und in einigen Fällen Anspruch darauf erhoben. All dies geschieht, als alle Patente lediglich auf dem Papier angemeldet wurden. Die elektronische Einreichung von Patenten und ergänzenden Materialien wie Sequenzprotokollen wurde schließlich teilweise aufgrund des Sequenzpatents möglich. Seitdem ist die Zahl der Patente mit Sequenzen gestiegen, und trotz des massiven Anstiegs der chinesischen Patente folgt die weltweite Zahl der neu veröffentlichten Patente mit Sequenzen immer noch einer linearen Kurve.

Historischer Trend neu veröffentlichter Sequenzpatente von 2000 bis 2020, verfügbar in Orbit BioSequence.

Die historischen drei großen Behörden (USPTO, EPO und WIPO) veröffentlichen ihre Sequenzen. Einige andere Behörden wie JPO, KIPO und CIPO sind sehr konform. Andere sind leider weniger systematisch oder stecken in der Vergangenheit fest. Aber selbst für äußerst konforme Behörden gibt es unterschiedliche Regeln und Gesetze darüber, welche Sequenzen offengelegt werden sollten. Es wird daher dringend empfohlen, eine Familienansicht Ihrer Patente zu haben, da ein Sequenzpatent in einem EPA-Dokument möglicherweise anders ist als in den USPTO- oder WIPO-Dokumenten derselben Familie.

Warum ist die Suche nach Patentsequenzen anders?

Die herkömmliche IP-Suche erfolgt mit Schlüsselwörtern. Da die Suche mit Schlüsselwörtern unvollkommen ist, werden sie oft mit Patentklassen, Synonymlisten und vielen anderen Funktionen kombiniert, die im Grunde versuchen, den Schmerz zu lindern, der durch die mangelnde Genauigkeit von Schlüsselwörtern entsteht.

Die Suche nach biologischen Sequenzen unterscheidet sich aus mehreren Gründen. Erstens gibt es eine gemeinsame Sprache zur Beschreibung von DNA/RNA- und Aminosäuresequenzen, völlig unabhängig von der Muttersprache, in der das Patent verfasst ist. Daher ist keine Übersetzung in natürliche Sprache erforderlich.

Zweitens: Da Sequenzen sehr lang sein können, gab es im Laufe der Zeit mehrere Veröffentlichungsstandards, um sie in einem Sequenzprotokoll separat zu behandeln. Daher ist die große Mehrheit der veröffentlichten Sequenzen einfach elektronisch zu verarbeiten. Dies steht im Gegensatz zur Chemie, wo Bilder immer noch eine akzeptable Form der Veröffentlichung sind.

Drittens: Sofern Ihre Sequenz nicht sehr kurz ist, möchten Sie immer ähnliche und nicht nur identische Sequenzen finden. Dies ist besonders wichtig, da kleine Fehler (OCR-Fehler, Herausgeberfehler) irgendwie kontrolliert werden können. Wenn Sie dagegen nach den Schlüsselwörtern „Brothefe“ suchen würden, würden Sie „Perlenhefe“ nicht finden, selbst wenn es sich bei Letzterem um einen Schreibfehler handeln könnte.

Viertens werden in den letzten etwa 20 Jahren in einem Patent veröffentlichte Sequenzen nummeriert und mit den Schlüsselwörtern SEQ ID NO. bezeichnet. In den meisten Fällen ist es leicht herauszufinden, ob beispielsweise die Treffersequenz 5 beansprucht wird, da sie im Anspruchsabschnitt anhand ihrer Nummer als SEQ ID NO. bezeichnet wird. 5. Dies ist ein einzigartiges Merkmal von Sequenzen und von entscheidender Bedeutung, da es uns beispielsweise ermöglicht, Sequenzinstanzen als (behauptet) hervorzuheben.

Eine Sequenz, die mit einer Sequenz abgeglichen ist, die in drei USPTO-Dokumenten erscheint, unabhängig davon, ob sie in Orbit BioSequence beansprucht wird oder nicht.

Ausrichtungen und Algorithmen

Bei der Suche nach Patentsequenzen wird Ihre Abfragesequenz mithilfe spezifischer Algorithmen und Parameter an Sequenzen in einer Datenbank angepasst. Das ist zwar alles ziemlich kompliziert, lässt sich aber auf wenige Anwendungsfälle beschränken. Auf die Gefahr hin, das Problem zu stark zu vereinfachen, verwenden Sie entweder eine lange Gensequenz, um ähnliche Sequenzen zu finden, oder Sie verwenden eine kurze Sequenz. Bei ersterem funktioniert alles gut. Vergleichen Sie Ihr Gen nur mit Nukleotid- und Proteindatenbanken, da Sie vorher nicht wissen, was ein Patent beanspruchen oder offenlegen könnte. Im letzteren Fall einer kurzen Sequenz ist die Sache etwas schwieriger. Möglicherweise möchten Sie Sequenzen finden, die perfekt zu Ihrer Anfrage passen oder einige Abweichungen zulassen. Möchten Sie Lücken zulassen? Wenn Sie 3 oder 6 Antikörper-CDRs verwenden, möchten Sie, dass alle an anderen CDRs oder schweren oder leichten Ketten ausgerichtet sind? All diese Fragen können zu unterschiedlichen Algorithmen und Parametern führen. Aber keine Sorge, wir verfügen über eine umfangreiche Dokumentation und einen großartigen Helpdesk. Komplexe Probleme führen nicht immer zu einfachen Lösungen!

Paarweises vs. Varianten-Mehrfachsequenz-Alignment

Schließlich werden Sie paarweise Ausrichtungen sehen, d. h. Ihre Abfragesequenz ist an einer Patentsequenz ausgerichtet. Dadurch erhalten Sie detaillierte Informationen zu den Unterschieden zwischen den beiden Sequenzen und können in Kombination mit den verfügbaren Patentinformationen entscheiden, ob diese Ausrichtung für Ihr FTO, die Patentierbarkeit usw. relevant ist. Tatsächlich kann es viele Sequenzen in derselben geben Patentfamilie und viele Familien. Sie müssen viele durchsuchen, aber wir können Ihnen mit Filtern helfen, die nur zu den relevantesten Ausrichtungen und Familien führen. Sie werden jedoch eine globale Ansicht der Ausrichtungen vermissen. Wie viele Patentsequenzen haben ein Lysin an Position 34 Ihrer Abfrage? Dies ist nur mit einer Variantenanalyse möglich.

Eine Variantenanalyse stapelt alle auf Ihre Anfrage abgestimmten Patentsequenzen und gibt Ihnen eine globale Ansicht für jede Anfrageposition. Mit anderen Worten: Es wird eine Mehrfachausrichtung basierend auf Ihrer Abfragesequenz erstellt. Sie können den Datensatz abfragen, ändern und exportieren und, was am wichtigsten ist, die Variationen erkunden, um neue Erkenntnisse darüber zu gewinnen, was Ihre Konkurrenten tun oder welche Bereiche beispielsweise nie geändert werden.

Variationen an mehreren Positionen mittels Orbit BioSequence Variant Analysis

Orbit BioSequence (OBS)

Mit einem umfangreichen Zugriff auf Patentsequenzen sowie Nichtpatentsequenzen ist Orbit BioSequence das perfekte Tool für Ihre FTO-, Patentierbarkeits- und Business-Intelligence-Recherchen. Durch die einfache Kombination von Patentdaten und Sequenzen macht OBS Ihre Suche nach Patentsequenzen viel einfacher als andere Tools, die sich ausschließlich auf Sequenzen konzentrieren. Antikörper und CDR, Gene und Primer können alle verwendet, kombiniert und erforscht werden.

Möchten Sie mehr erfahren? Kontaktieren Sie uns für spezifische Beratung oder Unterstützung oder sehen Sie sich die Aufzeichnung unseres aktuellen Webinars Smart & Visual Sequence Variations Explorer in Patent Data von Orbit BioSequence an .