Recherche de séquences de brevets - Orbit BioSequence

OBS : De la simple recherche de séquences de brevets à l'analyse de variants

Des séquences d'ADN, d'ARN et de protéines sont décrites dans des brevets depuis les années 1960 et quelques-uns même avant cela. De nombreuses lois ont été créées et modifiées au fil du temps pour permettre de breveter différents types de matériel biologique, tels que des séquences naturelles, des séquences modifiées, des séquences utilisées à des fins diagnostiques, des séquences provenant de plantes et de nombreux autres types. Nous avons récemment constaté que les vaccins sont un sujet brûlant et que certains, comme les vaccins à ARN, incluent des séquences. Les domaines industriels qui publient des séquences peuvent sembler surprenants, mais l'industrie alimentaire ou les fabricants de détergents, par exemple, en font partie. De toute évidence, l'industrie pharmaceutique, la biotechnologie, l'agrochimie et les sociétés semencières produisent la majeure partie des brevets de séquence. Alors, pourquoi la recherche séquentielle des brevets est-elle importante et pourquoi est-elle différente des autres types de recherche de brevets ?

Données sur les séquences de brevets

À partir des années 90 et du projet sur le génome humain, les séquences génomiques et d'ARNm ont commencé à devenir plus courantes dans les brevets. Dans certains cas, des génomes entiers (de bactéries, de champignons) pouvant être composés de millions de paires de bases ont été publiés. Des entreprises privées ont divulgué et, dans certains cas, revendiqué des millions de courtes séquences. Tout cela se produit alors que tous les brevets étaient uniquement déposés sur papier. Le dépôt électronique des brevets et des documents supplémentaires tels que les listages de séquences sont finalement devenus disponibles, en partie grâce au brevet de séquence. Depuis lors, nous avons assisté à une augmentation du nombre de brevets contenant des séquences, et malgré l'augmentation massive du nombre de brevets chinois, le nombre de brevets récemment publiés dans le monde entier avec des séquences suit toujours une courbe linéaire.

Tendance historique de la séquence récemment publiée brevets de 2000 à 2020 disponibles dans Orbit BioSequence.

Les trois grandes autorités historiques (USPTO, OEB et OMPI) publient leurs séquences. Certaines autres autorités sont très conformes, comme le JPO, le KIPO et l'OPIC. D'autres sont malheureusement moins systématiques ou restent ancrées dans le passé. Mais même pour les autorités les plus respectueuses, les règles et les lois concernant les séquences à divulguer varient. Il est donc vivement recommandé d'avoir une vue d'ensemble de vos brevets, car un brevet séquentiel peut être différent dans un document de l'OEB et dans les documents de l'USPTO ou de l'OMPI de la même famille.

Pourquoi la recherche par séquence de brevets est-elle différente ?

La recherche PI traditionnelle se fait à l'aide de mots clés. La recherche à l'aide de mots clés étant imparfaite, ils sont souvent associés à des classes de brevets, à des listes de synonymes et à de nombreuses autres fonctionnalités qui, fondamentalement, tentent d'atténuer la douleur provoquée par le manque de précision des mots clés.

Les recherches de séquences biologiques sont différentes pour plusieurs raisons. Tout d'abord, il existe un langage commun pour décrire les séquences d'ADN/ARN et d'acides aminés, totalement indépendant de la langue maternelle dans laquelle le brevet est rédigé. Vous n'avez donc pas besoin de traduction en langage naturel.

Ensuite, comme les séquences peuvent être très longues, plusieurs normes de publication ont existé au fil du temps pour les traiter séparément dans un listage de séquences. Ainsi, une grande majorité des séquences publiées sont simples à traiter électroniquement. Cela peut être comparé à la chimie, où les images restent une forme de publication acceptable.

Troisièmement, à moins que votre séquence ne soit très courte, vous voudrez toujours trouver des séquences similaires à la vôtre, pas simplement identiques. Ceci est particulièrement important car les petites erreurs (erreurs d'OCR, erreurs d'éditeur) peuvent être contrôlées d'une manière ou d'une autre. En revanche, si vous recherchez les mots clés « levure à pain », vous ne trouverez pas « levure perlée », même si ce dernier peut être une faute d'orthographe.

Quatrièmement, depuis une vingtaine d'années, les séquences publiées dans un brevet sont numérotées et désignées par les mots-clés SEQ ID NO. Dans la plupart des cas, il est facile de savoir si, par exemple, la séquence de résultats 5 est revendiquée, car elle est désignée par son numéro dans la section des réclamations sous le nom de SEQ ID NO. 5. Il s'agit d'une caractéristique unique des séquences qui est d'une importance cruciale, car elle nous permet de mettre en évidence les instances de séquence comme (revendiquées) par exemple.

Une séquence alignée sur une séquence apparaissant dans trois USPTO documents, revendiqués ou non dans Orbit BioSequence.

Alignements et algorithmes

La recherche de séquences de brevets consiste à aligner votre séquence de requêtes sur les séquences d'une base de données à l'aide d'algorithmes et de paramètres spécifiques. Tout cela est assez compliqué, mais cela peut se limiter à quelques cas d'utilisation. Au risque de simplifier à l'extrême le problème, soit vous utilisez une longue séquence de gènes pour trouver des séquences similaires, soit vous utilisez une séquence courte. Dans le premier cas, tout fonctionne bien. Assurez-vous simplement de comparer votre gène aux bases de données de nucléotides et de protéines, car vous ne savez pas à l'avance ce qu'un brevet pourrait revendiquer ou divulguer. Dans le dernier cas d'une courte séquence, les choses sont un peu plus difficiles. Vous souhaiterez peut-être trouver des séquences qui correspondent parfaitement à votre requête ou qui autorisent quelques discordances. Voulez-vous autoriser des lacunes ? Si vous utilisez 3 ou 6 anticorps CDR, voulez-vous qu'ils soient tous alignés sur d'autres CDR, ou sur des chaînes lourdes ou légères ? Toutes ces questions peuvent conduire à des algorithmes et à des paramètres différents. Mais ne vous inquiétez pas, nous disposons d'une documentation complète et d'un excellent service d'assistance. Les problèmes complexes ne mènent pas toujours à des solutions simples !

Alignement de séquences multiples par paire ou variant

Vous finirez par voir des alignements par paires, en d'autres termes, votre séquence de requêtes alignée sur une séquence brevetée. Cela vous donnera des détails complexes sur les différences entre les deux séquences et, combiné aux informations disponibles sur les brevets, vous aidera à décider si cet alignement est pertinent pour votre FTO, votre brevetabilité,... En effet, il peut y avoir de nombreuses séquences dans la même famille de brevets et de nombreuses familles. Vous devrez en parcourir plusieurs, mais nous pouvons vous aider à utiliser des filtres qui ne conduiront qu'aux alignements et aux familles les plus pertinents. Cependant, vous n'aurez pas une vue globale des alignements. Combien de séquences brevetées contiennent une lysine à la position 34 de votre requête ? Cela ne peut être fait qu'au moyen d'une analyse des variantes.

Une analyse des variantes empilera toutes les séquences de brevets alignées sur votre requête et vous donnera une vue globale pour chaque position de requête. En d'autres termes, cela créera un alignement multiple basé sur votre séquence de requêtes. Vous pouvez interroger, modifier et exporter l'ensemble de données et, surtout, explorer les variations pour vous donner un nouvel aperçu de ce que font vos concurrents ou des domaines qui n'ont jamais été modifiés, par exemple.

Variations à plusieurs positions à l'aide de l'analyse des variantes de la bioséquence orbitale

Orbit BioSequence (OBS)

Avec un accès étendu à des séquences brevetées ainsi qu'à des séquences non brevetées, Orbit BioSequence est l'outil idéal pour vos recherches en matière de FTO, de brevetabilité et de business intelligence. En combinant facilement les données et les séquences de brevets, OBS facilitera vos recherches de séquences de brevets bien plus facilement que d'autres outils uniquement dédiés aux séquences. Les anticorps et les CDR, les gènes et les amorces peuvent tous être utilisés, combinés et explorés.

Vous souhaitez en savoir plus ? Contactez-nous pour obtenir des conseils ou une assistance spécifiques, ou regardez l'enregistrement de notre récent webinaire sur l'explorateur intelligent et visuel des variations de séquences dans les données de brevets par Orbit BioSequence.